El juego comienza con un Link que ha perdido la memoria, y que despierta en un misterioso santuario, sin saber cómo ni por qué ha acabado ahí. La única pista sobre su pasado se la dará una voz que le encomienda la misión de acabar con el malvado Ganon, El Cataclismo, un ser maligno que aparece desde tiempos inmemoriales, y responsable de la destrucción que asoló el reino de Hyrule hace mucho tiempo. En su aventura, Link recuperará sus memorias perdidas, e irá descubriendo qué fue lo que realmente ocurrió hace 100 años.
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